Text

Anotasi domain protein Plasmodium spp. Circumsporozoite Protein (CSP) menggunakan perangkat Hidden Markov Model

---

Plasmodium sp. Protein Circumsporozoite (CSP) memiliki peran penting dalam fungsi sporozoit dan invasi hepatosit. Pemahaman dasar mengenai protein ini bisa mengungkap mekanisme aksi invasi tersebut. Anotasi domain protein dapat menentukan daerah fungsional protein yang spesifik. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi daerah konservasi dan fungsional protein circumsporozoite dengan menggunakan pendekatan Hidden Markov Model (HMM). Tiga sampel CSP diambil dari database UniProt; Protein Circumsporozoite dari plasmodium vivax (P08677), protein Circumsporozoite dari plasmodium malariae (P13815), dan protein Circumsporozoite dari plasmodium knowlesi (P02894). Semua urutan sudah ditelaah dan bisa digunakan untuk analisis lebih lanjut. Multiple Sequences Aligment (MSA) digunakan untuk menganalisis kawasan konservasi. Perangkat lunak CLUSAL X digunakan untuk menjalankan MSA pada protein circumsporozoite. Homologi protein dikelompokkan menggunakan MEGA 7.0 dan anotasi domain dilakukan oleh model Markov SUPERFAMILY yang tersembunyi (HMM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa Protein Circumsporozoite memiliki dua daerah konservasi tertentu di antara spesies. Wilayah lestari ini menunjukkan fungsi yang sama dan memiliki peran vital dalam siklus hidup mereka. Plasmodium knowlesi dan Plasmodium vivax memiliki urutan yang lebih mirip dibandingkan dengan Plasmorium malariae. Hasil pengelompokan berdasarkan Protein Circumprotozoite menunjukkan bahwa Plamodium malariae mungkin memiliki mode infeksi berbeda pada inang. CSP diidentifikasi memiliki satu domain di C-terminus. Keluarga domain CSP adalah pengulangan tipe TSP-1 tipe 1 dengan reliabilitas tinggi. Penelitian ini dapat disimpulkan bahwa konservasi Protein Circimsporozoite menunjukkan peran penting pada penyakit malaria. Untuk tujuan ini, CSP bisa menjadi kandidat potensial untuk pengembangan vaksin.

---

Ketersediaan

Tidak ada salinan data

Informasi Detail

Judul Seri

Jurnal biologi Indonesia

No. Panggil

570.5 Jur

Penerbit

: ., 2018

Deskripsi Fisik

-

Bahasa

Indonesia

ISBN/ISSN

0854-4425

Klasifikasi

570.5

Tipe Isi

-

Tipe Media

-

Tipe Pembawa

-

Edisi

Vol. 14, No. 2, Tahun

Subjek

-

Info Detail Spesifik

-

Pernyataan Tanggungjawab

-

Versi lain/terkait

Lampiran Berkas

Komentar

---

Anda harus masuk sebelum memberikan komentar