Program pendidikan Seminari Menengah St. Yohanes Paulus II menekankan pada aspek sanctitas ( kekudusan ), scientia ( pengetahuan ), sapientia ( kebijaksanaan ), sanitas ( kesehatan ), dan solidaritas. Untuk mencapai semua spek tersebut, corretio fraterna menjadi salah satu program pendidikan di Seminari yang khas.